科学地使用化肥严格控制化肥的用量尤其要减少氮素化肥的用量。杜绝盲目施肥、偏施氮肥的情况。选用肥料既要考虑养分含量，又要选用杂质尤其是重金属及有毒物质含量少、纯度高的肥料，还要根据土壤情况尽可能选用不致使土壤酸化的肥料。注意微量元素肥料的使用，推广氮、磷、钾复合肥和有机、无机复合肥。

大力推广应用有机肥有机肥料不仅养分全，肥效持久、平稳，缓冲性大，而且富含有机质，可以改良土壤结构，对大棚蔬菜土壤环境的污染小。要大力提倡使用有机肥，要多用充分腐熟经过堆积发酵等处理的优质畜禽粪等厩肥。应用因地制宜推广秸秆还田技术、大棚蔬菜种植绿肥技术，既增加肥源又改良土壤。

重视培养和提高土壤肥力采取综合治理措施，如科学的水旱轮作，菜粮、瓜菜轮作；增施有机肥；建立标准化大棚蔬菜，加强农田水利建设，降低地下水位。

减少有毒物质污染大棚蔬菜严格禁止使用垃圾和污水灌溉，在镉含量高的田块可与水稻轮作，施用石灰或钙、镁、钾肥，硅、钙肥能提高土壤pH值。