防污染种子贮藏前要彻底清除其中的作物茎、叶、杂草、沙子、土粒等杂物，并对贮藏室以及贮藏用具进行严格的消毒。

防霉变防霉变关键是要控制好种子本身所含的水分，禾谷类作物种子含水量应为12%～13%，油料作物种子应为8%～9%。

防高温贮藏种子的环境温度最好在10℃左右，切忌把种子放在距火炉较近的地方。

防潮湿种子口袋不宜直接放在地上，应用砖石或木板将种子口袋垫高50厘米以上。贮藏室要注意通风换气。

防窒息种子不能用塑料袋贮存。

防腐蚀种子不能与农药化肥等同室存放。

防烟熏烟气（尤其是煤烟气、柴草烟气）较大的房间（如厨房）不能存放种子，贮藏室也不宜靠近厨房。

防混杂不少作物的种子与一般食用粮食不易区分，稍不注意就会造成种粮混杂，很容易将种子当粮食吃掉，造成很大的损失；也很容易把粮食当种子播种，引起严重减产。

防虫鼠害虫、老鼠不仅会直接吃掉种子，而且还会污染种子，使种子变质，发芽率降低。因此，要采取相应的措施消灭害虫和老鼠。