从长远来说，施用有机肥要比施用化肥的效果要好，主要体现在如下几个方面：

1)有机肥是长效肥，有机肥中的养分可以持续地融入土壤中被作物吸收，有利于活化土壤和持续提高土壤肥力，而化肥则是直接为作物吸收且易使土壤板结，肥效只有几天时间;

2)有机肥的利用效率高，化肥利用率低。

3)施用有机肥的土壤对于各种养分的供应具有持续性，生产出来的产品能更好地保存产品固有的品质，品质更好。长期施用化肥的土壤容易出现某些养分缺乏，生产出来的产品缺乏产品的固有品质。

4)施用有机肥的土壤，土壤中生物品种丰富，各种有益和有害的生物处于相对平衡的水平，不易对作物造成危害。施用化肥的土壤容易板结，有害生物容易危害作物健康。