1、不易浸种催芽。因为种衣剂溶于水后，不但会使种衣剂失效，而且溶于水后的种衣剂会对种子的发芽产生抑制作用，故不能做到一次播种保全苗。

2、不易常规进行试芽。因为包衣种子的试芽技术非常复杂，技术要求较高不易掌握，采取常规试芽方法，不但不发芽，而且还会使种子失去使用价值，甚至发生农药中毒现象。

3、包衣种子播后不宜立即施用故稗类化学除草剂，应在播后30天后再用敌稗，如先用敌稗，可在3天之后再播种。

4、包衣的种子不易用于盐碱地，因为包衣种子的种衣剂遇碱会失效，所以在PH值大干8的地块，不易使用种衣剂。

5、种衣剂不易用于低洼易涝地，因为包衣种子在地下水位高的土壤环境条件下，极易造成包衣种子酸败腐烂变质。